Casa dei frati antoniniani, arrivati a Milano nel 1272, la chiesa di Sant’Antonio Abate si imposta nello spazio destinato all’ospedale voluto da Ruggero da Cerro, nel XII sec., per la cura del “fuoco sacro”. Nel 1452, con l’annessione dell’ospedale di Sant’Antonio al Maggiore, la chiesa e i suoi beni passarono alle famiglie Landriani e Trivulzio. Solamente nel 1577, con l'arrivo a Milano dei padri Teatini, la chiesa venne monumentalizzata e consacrata il 13 settembre del 1654.
Disegno di Dionigi Campazzo, si caratterizza per una facciata molto semplice che introduce in uno spazio a navata unica. La pianta a croce latina, il transetto appena accennato, le preziose sei cappelle laterali e il profondo coro rettangolare sono “sottomesse” alla volta adorna dagli affreschi dei Fratelli Carlone con le storie dell’esaltazione della Croce: La Croce appare a Costantino; il Ritrovamento della Croce da parte di Elena madre di Costantino; Eraclio, in vesti umili, riporta la Croce a Gerusalemme.
Lo spazio, scandito da lesene rastremate e dorate con coronamento di capitelli compositi, impreziosito da una ricca trabeazione movimentata da angioletti in stucco, custodisce opere di grande interesse. Tra i principali artisti ricordiamo: Ercole, Camillo e Giulio Cesare Procaccini, Lodovico Carracci, il Cerano, il Malosso, il Moncalvo. Di grande impatto visivo il maestoso arco che inquadra l’altare maggiore è impreziosito da sette medaglioni; Cristo centrale mentre nei sei laterali sono presentate coppie di apostoli.
Tra le cappelle si ricorda la Cappella delle Reliquie; l’altare sembrerebbe custodire numerose reliquie tra le quali un frammento della Santa Croce (posto in un tabernacolo sopra l’altare) che ispirò il ciclo pittorico della volta.
Eccelso esempio dell’arte lombarda secentesca divenne, alla fine del Settecento, cappella militare con il rischio di essere convertita in magazzino. Solamente nel 1930 la Curia Arcivescovile decise di porre un freno alla decadenza della chiesa.