La prima fase costruttiva della chiesa di S. Bernardino a Crema, nuova casa dei frati francescani osservanti, è da ascrivere al 1518.
Qualche anno prima Renzo da Ceri era stato costretto a demolire il monastero di S. Bernardino fuori le mura per impedire che le truppe avversarie lo utilizzassero come riparo. I frati furono, quindi, privati del loro tempio e dovettero attendere fino al 1579 perché il nuovo complesso dentro le mura urbiche fosse ufficialmente consacrato.
Eventi naturali e le leggi napoleoniche portarono alla chiusura del complesso il cui restauro fu affidato a Carlo Donati de' Conti e Luigi Re. In questa occasione la volta venne impreziosita dall'opera di Luigi Manini (scenografo) che curò, anche, il rifacimento del grande affresco dell'Annunciazione sopra l'arco trionfale.
S. Bernardino, che può identificarsi come la raccolta della migliore della pittura cremasca dal Cinquecento all'Ottocento, è caratterizzato da un'aula unica di grandi dimensioni sulla quale si affacciano cappelle arricchite dal lavoro di artisti del calibro di Gian Giacomo Barbelli, Gianbattista Lucini e Mauro Picenardi. Si ricordano: una cassa d'organo intagliata (1649) e quattordici tele, oggi conservate nel Museo Civico di Crema e del Cremasco. Le tele rappresentavano scheletri in grandezza naturale a simboleggiare i diversi ceti sociali e i personaggi che si potevano incontrare all'epoca (la produzione è anteriore al 1739). Le tele macabre, probabilmente, venivano esposte sulle lesene della chiesa in occasione delle celebrazioni del triduo dei defunti; un rito di suffragio per le anime del Purgatorio.
Recentemente la chiesa è stata adibita ad auditorium intitolato al mecenate cremasco Bruno Manenti.
