Negli anni successivi al Sacco di Brescia, successivamente al lascito della contessa Laura Gambara (1537) di un edificio per le "donne che si ritirano e si convertono dalla loro cattiva vita" e quelle che subirono violenza dalle truppe francesi, fu fondato il convento "della Carità" che, dal 1556, si dotò di una propria chiesa dedicata a Santa Maria Maddalena.
Nel 1647 le autorità cittadine, promuovendo il totale rinnovamento dell'edificio, ne fecero la "custodia" per un prezioso affresco quattrocentesco con l'immagine della Madonna della Carità ritenuta miracolosa. Il progetto, affidato ad Agostino Avanzi, prevedeva di collocare l'affresco sopra l'altare maggiore di una nuova chiesa, più grande, che potesse ospitare anche una cappella, copia della Santa Casa di Loreto. La crescente diffusione del culto mariano e le generose donazioni dei fedeli arricchirono la chiesa, a pianta ottagonale, di apparati decorativi di grande qualità mantenendo attivo il cantiere fino al 1755, anno di posa del magnifico pavimento marmoreo di Agostino Maggi, che segna la conclusione dei lavori.
