Napoleone III creò questo museo nel 1862 per raccogliere le collezioni archeologiche che vanno dalla preistoria al medioevo. Con il rimodernamento del museo voluto da André Malraux negli anni Sessanta del ‘900, la raccolta divenne ancora più completa. Le collezioni preistoriche sono tra le più importanti al mondo: attraverso la caccia, i rituali, la scoperta del fuoco e la guerra è stato possibile ricostruire una parte della vita dell’uomo preistorico. Il museo possiede inoltre una collezione molto ricca di seni e ventri abnormi a simbolizzare la fertilità, tra cui la Vénus de Brassempouy (23 000 a.C. circa), considerata la più antica rappresentazione di un viso umano.