Le chiese a Corte avevano funzioni di culto e protezione nei confronti dei Signori. Costituivano uno spazio sicuro ed erano munite di camminamenti sopraelevati che facilitavano la comunicazione con il Palazzo.
La pianta della chiesa di San Giovanni risulta ribaltata rispetto all'orientamento originario. A testimoniarlo è la piccola abside della cripta sottostante dove veniva osservato il culto di San Sebastiano. Al complesso moderno si accede, oltrepassando il portale dai tratti barocchi, da via San Giovanni; ove probabilmente si impostava un'abside nel disegno primario.
La sagrestia conserva una colonna con capitello stilisticamente simile a quelli inseriti nel cortile di Palazzo Fieramosca, provenienti dalla chiesa longobarda di Giovanni di Landelpaldi oggi scomparsa.
